Días después, el 8 de marzo, gracias al triunfo en el Villar, Azurduy lideró la tropa que tomó el Cerro Rico de Potosí. El general Belgrano tomó conocimiento de estos episodios por intermedio de un informe librado por Manuel Padilla, junto al cual remitió el diseño de la insignia capturada por su esposa. La valentía de esta mujer no dejaba de asombrar al general Belgrano, quien en su homenaje le dedicó estos versos:

Desde hoy seréis ya bandera
Por mejor mano creada,
Seréis en toda frontera
¡Tiemble el Tirano! La Hera
Abata su pompa vana,
 Y para gloria de Juana
De Azurduy, diga que de él
A pesar de ser cruel,
 Triunfó una americana.

 Asimismo, el 26 de julio de 1816, el general Belgrano escribió una carta a Juan Martín de Pueyrredón, director supremo de las Provincias Unidas del Río de la Plata. En ella, le presentaba el diseño de la bandera que Juana había arrebatado a los realistas, señalando que “en la acción a la que se refiere el comandante don Manuel Ascencio Padilla, quien no da esta gloria a la predicha su esposa por moderación, pero por otros conductos fidedignos que consta que ella misma arrancó de manos del abanderado, ese signo de tiranía, a esfuerzo de su valor y de sus conocimientos en milicia poco comunes a las personas de su sexo.” 

Por tal actuación, el general recomendaba a la guerrillera, “que continúa en sus trabajos marciales del modo más enérgico, y a quien acompañan algunas otras más en las mismas penalidades”, para que fuera condecorada con una orden de mérito. 

El 13 de agosto, Antonio Berruti respondió a Belgrano, comunicándole la resolución del Director del Estado:

“…Debido al varonil esfuerzo y bizarría de la Amazona Doña Juana Azurduy. El Gobierno, en justa recompensa de los heroicos sacrificios con que esta virtuosa americana se presta a las rudas fatigas de la guerra en obsequio de la libertad de la Patria, ha tenido a bien decorarla con el despacho de Teniente Coronel que acompaño, para que pasándolo a manos de la interesada, le signifique la gratitud y consideración que han merecido al gobierno sus servicios, igualmente que a los demás compatriotas que la acompañan.” 
La condecoración le fue comunicada a la guerrillera a través de una epístola remitida por Belgrano el 23 de octubre de 1816 desde Tucumán; un honor que le había sido otorgado por “las acciones heroicas, nada comunes a su sexo, con que ha probado su adhesión a la santa causa que defendemos.” Belgrano se despedía de ella, diciendo “doy a Ud. por mi parte los pláceme más sinceros, y espero que serán un nuevo estímulo para que redoblando sus esfuerzos, sirva usted de un modelo enérgico a cuantos militan bajo los estandartes de la nación. Dios guarde a usted muchos años.”

  En la misma fecha, Belgrano distinguió también a Manuel Padilla: “Incluyo a Ud. el despacho de Coronel de Milicias Nacionales a que le considero acreedor por los loables servicios que se me ha instituido está ejerciendo en esos destinos de libertarlos del yugo español lo que ya ha jurado nuestro Soberano Congreso, resuelto a sostenerlo con cuantos arbitrios quepan en los altos alcances de su elevada austeridad (…) Poniéndose Ud. y toda su gente bajo la augusta protección de mi generala que lo será también de Ud., Nuestra Señora de la Mercedes, no tema Ud. riesgos en los lances acordados con prudencia…”
 Sin embargo, este despacho y la recomendación eran hechos por el general al caudillo sin conocer los tristes acontecimientos del mes anterior. En septiembre de 1816, la guerrilla de Padilla vio la derrota parcial en la Batalla de La Laguna. Las columnas patriotas se dispersaron. El jefe acordó como punto de reunión la localidad del Villar. Allí, lo estaba esperando Juana con un puñado de combatientes. Al día siguiente, en ese lugar, fueron alcanzados por una fracción realista. La Batalla del Villar se trató de un enfrentamiento salvaje y de una persecución encarnizada. Después de la brutal pelea, los monárquicos tomaron la trinchera. Juana -herida por dos proyectiles-, Manuel, una amazona y el padre franciscano Fray Mariano Suárez Polanco emprendieron la fuga. El coronel Francisco J. Aguilera y algunos de sus oficiales, iban tras ellos. La guerrillera, en la retaguardia, estaba próxima a ser tomada cautiva. Su esposo retrocedió y se interpuso, matando a los oficiales que la amenazaban. Gracias a su intervención, Juana pudo ganar terreno y salvarse, pero el caudillo fue alcanzado por una bala que descargó Aguilera. Manuel murió en el acto. Cayó desplomado de su caballo. El coronel realista se abalanzó sobre su cuerpo. Pidió la absolución al cura presente, tomó su sable y lo degolló. Lo mismo hizo con la mujer que acompañaba a su esposa, creyendo erróneamente que era ella.

 “Los muertos del campo de batalla en las dosjornadas no pasaron de 60, pero los exterminados en la persecución y en las matanzas subsiguientes, alcanzaron a 700 (…) Los españoles mandaron batir medallas en conmemoración de estas jornadas.”

Una vez más, Juana, la tragedia y la muerte; esta vez, la de su querido esposo. Una vez más, Juana no se rindió, continuó luchando. La cabeza de Padilla juntamente con la de la amazona, fueron exhibidas en unas piquetas en la plaza del pueblo de La Laguna, para escarmiento y temor de los insurrectos; al pie de ellos, el sanguinario coronel hizo matar a setenta y siete prisioneros a palos, pedradas y bayonetazos. Cuatro meses después de la muerte de Manuel, la guerrillera reunió a un grupo compuesto por algunos de sus “Leales” y “Amazonas” y otros indígenas que se les sumaron en el trayecto a La Laguna. Era la hora de la venganza.
Llegados al pueblo, la iracunda Juana comenzó a disparar a mansalva, masacrando a todo realista que se le interpuso en el camino entre ella y los restos de Manuel, a los que pretendía rescatar. De este modo, robó la cabeza de su amado, convertida ya en puro hueso.

Finalmente, la llevó a la iglesia para que se le rindieran los merecidos honores fúnebres. Ahora, Manuel descansaba en paz.
“El pueblo de la Laguna, donde la cabeza de Padilla fue puesta por escarnio en una pica, lleva hoy su nombre ilustrado por sus hazañas y su martirio…”

Con este episodio, concluía una épica historia de amor, pero continuaba la historia de una lucha. Según algunas versiones, Juana no usó nunca más su chaqueta roja, sino que comenzó a vestir de negro, en parte para no ser reconocida, en parte como signo de su duelo.